Loại cá nào cũng có thể được đem làm nước mắm, nhưng người sản xuất nước mắm Phú Quốc chỉ chọn cá cơm. Cá cơm có nhiều loại; trong đó cá cơm sọc tiêu, cơm đỏ và cơm than là tốt nhất, cho chất lượng mắm cao. Giờ đây, những gia đình làm nghề nước mắm truyền thống trên đảo đều có ghe tàu đánh bắt cá cơm riêng. Cá được xử lý và ướp chượp ngay trên biển. Điều này lý giải tại sao nước mắm Phú Quốc có màu cánh gián tự nhiên (vì được ướp tươi, máu còn trong thân cá và được muối ủ trong thùng gỗ, loại gỗ đặc biệt, thời gian ít nhất 12 tháng). Một yếu tố làm nên sự khác biệt nữa: nước mắm phải được sản xuất ngay trên đảo với đặc thù khí hậu và thổ nhưỡng.
Nước mắm Phú Quốc được ngâm ủ trong những thùng gỗ bời lời lớn, hoặc thay thế bằng gỗ vên vên. Thùng có đường kính 1,5 - 3 m, cao 2 - 4 m, ủ được 7 - 13 tấn cá. Mỗi thùng được niềng bằng 8 sợi đai, mỗi sợi bện bằng 120 sợi song mây lấy từ núi Ông Tám và Bắc Đảo.