Để tránh sự lạm dụng tên gọi trên thị trường, giúp người tiêu dùng tiếp cận được với những sản phẩm thật, có nguồn gốc từ Phú Quốc, với sự giúp đỡ của Đại sứ quán Pháp tại Việt nam, nước mắm Phú Quốc đã được Cục Sở hữu trí tuệ, Bộ Khoa học và Công nghệ cấp văn bằng quốc gia bảo hộ chỉ dẫn địa lý vào năm 2001. Năm 2008, Viện Chính sách và Chiến lược Phát triển nông nghiệp nông thôn đã giúp UBND tỉnh Kiên Giang xây dựng các quy chế quản lý chỉ dẫn địa lý nước mắm Phú Quốc. Hoạt động này nhằm mục đích quản lý chất lượng nước mắm truyền thống, truy suất nguồn gốc, nhãn mác sản phẩm mang chỉ dẫn địa lý. Theo đó, nước mắm Phú Quốc đã xây dựng được hệ thống quản lý chất lượng đảm bảo các yếu tố chất lượng truyền thống, không sử dụng chất phụ gia, đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm. Sản phẩm được đóng chai tại Phú Quốc trước khi đưa ra thị trường.